そして本当にやりたいのは、主座標変換なんですが…

えーっと、Metric MDSってやつね。主座標変換。
共分散行列じゃなくて、2点間の距離を扱うんです。
…っとすると、要素が100万あったら、必要なのは上三角形にしたとしても、100,000,001 * 50,000,000 ... ちょっとピンチ（汗
中身は固有値問題だから、なんかもうちょっと上手く計算量減らせないもんですかね…（N^2は、データ点数が膨大になるともう手がつけられないでござる…）